Rīnūžu vidusskola piedalās Ekoskolu programmā kopš 2005.gada, tai ir piešķirts EKO skolas statuss. Pašlaik Ekoskolu programmā ir iesaistītas vairāk kā 49000 skolas visā pasaulē, kas ir apvienojušās globālajā ekoskolu tīklā. Katrā valstī ir Ekoskolu programmas nacionālais koordinators, Latvijā tas ir Vides izglītības fonds. Ekoskolu programma ir viens no visaptverošākajiem vides izglītības modeļiem pasaulē. Tā veicina izpratni par vidi, saistot to ar mācību priekšmetiem, veido attieksmi un vērtības, procesā iekļaujot ne tikai skolas dzīvē iesaistītos, bet arī apkārtējo sabiedrību, tā stiprinot kopējo vides apziņas attīstību.
Ekoskolu programmas simbols ir Zaļais karogs. Tā ir atzīta un prestiža vides kvalitātes zīme, ekosertifikāts, ar ko lepojas skolas visā pasaulē. Līdz šim Rīnūžu skola katru gadu ir ieguvusi augstāko vērtējumu – Zaļo karogu un starptautisko sertifikātu, ko piešķir nacionālā žūrija par Rīnūžu Ekoskolas ieguldījumu apkārtējās vides uzlabošanā un aktīvu rīcību.
2016.gadā Rīnūžu Ekoskolas vadītāja Violetta Liepiņa tika apbalvota ar Rīgas pašvaldības balvu „Zelta pildspalva”.

Skolas līdzdalība Ekoskolu programmā norisinās caur pārvaldes sistēmas izveidošanu un darbību, kā arī skolas regulāru darbu ar apkārtējās vides jautājumiem.
Pārvaldes sistēma tiek veidota, sekojot vadlīnijām par nepieciešamajiem 7 elementiem Ekoskolu programmā.

Ekoskolas elementi:

• Ekopadome
• Skolas Vides novērtējums
• Skolas Vides rīcības plāns
• Pārraudzība un izvērtēšana
• Sasaiste ar mācību saturu
• Skolas un sabiedrības iesaistīšana
• Vides kodekss

Rīgas Rīnūžu Ekoskolas tēmas
2005./2006. – Atkritumi
2006./2007. – Transports
2007./2008. – Veselīgs dzīvesveids
2008./2009. – Ūdens
2009./2010. – Mežs
2010./2011. – Enerģija
2011./2012. – Skolas apkārtne
2012./2013. – Klimata pārmaiņas
2013./2014. – Veselīgs dzīvesveids
2015./2016. – Mežs
2016./2017. – Pārtika
2017./2018. – Bioloģiskā daudzveidība
2018./2019. – Transports
2019./2020. – Atkritumi
2020./2021. – Atkritumi